Møgeltønder Kirke ligger mellem Sønderbyen og Slotsgaden, og herfra går der fire stier ind i mellem de gamle huse og op til kirken. Kirken ligger på byens højeste punkt, og fra kirken er der en fin udsigt til byen og Tøndermarsken. Kirken blev viet til Skt. Nicolai, de søfarendes skytshelgen.

Kirkens bygninger

Møgeltønder kirke er opført i 1200-tallet, men samme sted har der tidligere stået en trækirke og en stenkirke i 1000-tallet. Fra stenkirken findes der en granitsten med en romansk frise, som nu sidder i kirketårnets mur.

Første etape af kirken var den østlige del af skibet og et nu forsvundet kor. Begge var opført i munkesten og i romansk stil med rundbuede vinduer og døre samt rundbuefriser vedtaget. I sidste del af 1200-tallet blev skibet forlænget mod vest, og der blev opført et nyt kor, begge i senromansk stil med ændrede rundbuefriser.

Omkring 1500 blev kirketårnet opført i sengotisk stil. Kirketårnet fungerede både som klokketårn og som sømærke for de søfarende ude i den vandrige marsk. Tårnspiret er meget karakteristisk med sit meget høje ottekantede spir med små gavle i hvert verdenshjørne. Kirketårnet er af den såkaldte ”Tørninglen-type” og ligner de fleste kirketårne i det gamle Tørninglen Provsti. Kirketårnet har en ret omskiftelig historie. I 1628 væltede tårnet i en julestorm, men blev genopført i 1630. I 1599 blev det oprindelige blytag solgt og erstattet af træspån, som på Tønder kirke. I 1882 fik tårnet skifertag og under restaureringerne i 1970erne igen blytag.

Kirkeklokkerne er fra hhv. 1333 og 1642. Den første har støbemærke, og den anden har indskriften Baltzer Melchior. Den sidste klokke var under Første Verdenskrig 1914-18 truet af omsmeltning, men greve Otto Didrik Schack ombyttede dog hurtigt klokken med en mindre værdifuld klokke fra Emmerlev kirke, og så omsmeltede tyskerne den i stedet for. Urværket er fra 1663 og har fungeret siden, men urskiverne har været nedtagne i tiden 1948-77 af sikkerhedsgrunde.