Tunø Kirke er formentlig opført i det 14. århundrede. Det hed sig, at Tunboerne før den tid sejlede til messe i Nordby Kirke på Samsø, hvis tilmurede norddør fra gammel tid kaldtes Tunboernes dør.

Kirken er særegen, idet den både er kirke og fyrtårn, og i gamle dage fungerede præsten da også både som fyrmester og præst. 

Det er muligt at besøge kirken i perioden 1. juni-30. august fra 9.00-19.00. Tårnet har åbent i fra 27. juni-6. august og kan besøges kl. 14-15. Dog er tårnet lukket søndag. Større grupper kan ringe til fyrmesteren og aftale tid på 21 13 94 36. Tårnet er åbent i efterårsferien alle dage undtagen søndag mellem kl. 15-16.

Kirken har en lang bygningshistorie, idet den oprindeligt var bygget i romansk stil. På grund af de mange ombygninger fremstår kirken i dag som en gotisk kirkebygning med sine spidsbuede blændinger og kamtakgavl.
Tårnet blev forhøjet til 31 m over havet i 1820.

I 1216 overdrog den danske konge Valdemar Sejr Tunø til Århus Domkirke. I den forbindelse kan det nævnes, at præste- og degnestolen fra 15-1525 sandsynligvis stammer fra Århus Domkirke. Begge er med smukt skårne blomster på gavlene og bispen Niels Clausen Skades våben.

Kirkens tilknytning til Århus Domkirke ses måske også af altertavlen, som med sine sengotiske figurer fremstiller jomfru Maria som himmeldronningen, stående på halvmånen med Jesusbarnet på venstre arm, mens hun med højre hånd fremviser en vindrueklase (muligvis en “drue-Madonna”, stammende fra Rhinlandet). Hun flankeres af S. Clemens med ankeret og af S. Alexius. Denne er måske den eneste fremstilling af S. Alexius i Danmark.

Altertavlen, hvis to bevægelige fløje i 1731 blev bemalet med evangelisterne, er en skabstavle fra ca. 1490.

Romansk granitfont med dobbeltløver. På prædikestolen (o.1630-50) er der naive evangelistmalerier i arkadefelterne. Blandt kalkmalerierne kan især nævnes det kalkmalede epitafium på korets nordvæg over sognepræst Jørgen Hansen, som den 31. juli 1640 efter sigende blev stanget ihjel af en tyr.

Præstegården ligger lige ved kirken. Der er normalt gudstjeneste kl. 10.00 om vinteren og kl. 11.00 om sommeren.